Tạm thời thoát khỏi mối đe dọa từ người Ả Rập, Konstantinos đã chuyển hướng sự chú ý của ông sang Giáo hội vốn đang bị giằng xé giữa phái Nhất ý luận và Chính Thống giáo.[13] Tháng 11 năm 680, Konstantinos cho triệu tập Công đồng Chung thứ sáu (còn được gọi là Công đồng Constantinopolis thứ ba).[4] Đích thân Konstantinos phải chủ trì trong những khía cạnh chính thức của việc kiện tụng (mười một phiên họp đầu tiên và sau đó là mười tám), bị vây quanh bởi các triều thần của mình nhưng ông chẳng đóng vai trò tích cực nào trong các cuộc thảo luận thần học.[14] Công đồng tái khẳng định các học thuyết Chính Thống giáo của Công đồng Chalcedon năm 451.[15] Điều này giải quyết được tranh cãi của thuyết Nhất ý luận; tạo sự thuận tiện cho Đế quốc, nhất là hầu hết khu vực của phái này đều nằm dưới sự kiểm soát của Umayyad Caliphate.[4] Công đồng chính thức bế mạc vào tháng 9 năm 681.[16]

Do các cuộc xung đột đang diễn ra với người Ả Rập trong suốt thập niên 670, Konstantinos đã buộc phải ký kết hiệp ước hòa bình ở phía tây với người Lombard đang chiếm giữ Brindisi và Taranto.[17] Cũng trong năm đó, người Bulgar dưới trướng Asparukh đã vượt qua sông Danube tiến vào lãnh thổ của Đế chế trên danh nghĩa và bắt đầu chinh phục các cộng đồng địa phương và các bộ tộc Slav.[4] Năm 680, Konstantinos IV đã dẫn đầu một chiến dịch kết hợp lục hải chống lại những kẻ xâm lược và tiến hành bao vây quân doanh kiên cố của họ tại Dobruja.[18] Do tình hình sức khỏe xấu dần, Hoàng đế phải bỏ chạy giữa chừng khiến toàn quân hoảng loạn và bị người Bulgar đánh bại hoàn toàn.[19] Năm 681, Konstantinos buộc phải thừa nhận nhà nước Bulgar ở Moesia và trả tiền cống nạp/bảo vệ để tránh họ xâm nhập sâu hơn vào xứ Thracia thuộc Đông La Mã.[13] Do đó mà Hoàng đế mới lập ra Theme xứ Thracia.[17]

Hai anh em Heraclius và Tiberius đã được đăng quang với danh hiệu Augusti dưới thời trị vì của cha mình,[20] và điều này đã được khẳng định bởi yêu cầu của dân chúng,[21] nhưng vào năm 681 Konstantinos đột nhiên sai người tùng xẻo họ để truất quyền trị vì.[4] Đồng thời ông còn trao vương miên cho người con út là Justinianus II cùng đồng trị vì cho tới khi Konstantinos qua đời vì kiết lỵ vào ngày 14 tháng 9 năm 685.[22]